Paramètres

L’écran de configuration de l’application Microarray (biopuce) apparaît après avoir sélectionné cette application depuis l’onglet Nucleic Acids (acides nucléiques) sur la page d’accueil. Pour afficher les paramètres de l’application Microarray sur l’écran de mesure Microarray, sélectionnez Microarray Setup (Configuration de l’application Microarray) Settings_Gear00046.png.

Paramètre

Options disponibles

Description

Auto Naming (nom automatique)

Activé ou désactivé

Lorsque cette fonction est activée, chaque échantillon se voit attribuer un nom par défaut commençant par le mot « sample » suivi du numéro de l’échantillon dans la séquence. Par exemple, le premier échantillon sera nommé « Sample 1 », le deuxième « Sample 2 », et ainsi de suite. Vous pouvez modifier le nom de base par défaut et remplacer tout nom d’échantillon.

Sample type and Factor (type d’échantillon et facteur)

dsDNA (ADNdb) (avec facteur non modifiable de 50 ng-cm/µl)

Valeur largement acceptée pour l’ADN double brin

 

ssDNA (ADNsb) (avec facteur non modifiable de 33 ng-cm/µl)

Valeur largement acceptée pour l’ADN simple brin

 

RNA (ARN) (avec facteur non modifiable de 40 ng-cm/µl)

Valeur largement acceptée pour l’ARN

 

Oligo ADN avec facteur non modifiable calculé en ng-cm/µl

Facteur calculé à partir de la séquence des bases de l’ADN définie par l’utilisateur. Lorsque cette fonction est sélectionnée, les unités de bases d’ADN disponibles (c.-à-d. G, A, T, C) apparaissent sous forme de touches. Définissez la séquence en appuyant sur les touches appropriées. Le facteur est calculé automatiquement en fonction de la valeur largement acceptée pour chaque unité de base.

 

Oligo ARN avec facteur non modifiable calculé en ng-cm/µl

Facteur calculé à partir de la séquence des bases de l’ARN définie par l’utilisateur. Lorsque cette fonction est sélectionnée, les unités de bases d’ARN disponibles (c.-à-d. G, A, U, C) apparaissent sous forme de touches. Définissez la séquence en appuyant sur les touches appropriées. Le facteur est calculé automatiquement en fonction de la valeur largement acceptée pour chaque unité de base.

 

Custom (facteur personnalisé par l’utilisateur en ng-cm/µl)

Saisissez un facteur compris entre 15 ng-cm/µl et 150 ng-cm/µl.

Dye  1/Dye 2 Type (type de colorant 1/2)a

Cy3, 5, 3.5, ou 5.5,
Alexa Fluor 488, 546, 555, 594, 647, ou 660

Sélectionnez le ou les colorants prédéfinis utilisés pour marquer l’échantillon ou un nouveau colorant, ajouté à l’aide de l’éditeur de colorants.

Dye 1/Dye 2 Unit (unité du colorant 1/2)

picomoles/microlitre (pmol/ul), micromoles (uM) ou millimoles (mM)

Sélectionnez l’unité pour rapporter les concentrations de colorant

Analysis Correction (correction d’analyse)b

Activé ou désactivé

Saisir la longueur d’onde de correction d’analyse en nm ou utiliser la valeur par défaut (340 nm)

Corrige tout écart dans l’absorbance de l’échantillon causé par certaines particules capables de diffuser la lumière en soustrayant la valeur d’absorbance obtenue à une longueur d’onde de correction d’analyse spécifiée à la valeur d’absorbance obtenue à la longueur d’onde de l’analyse. La valeur corrigée est utilisée pour calculer la concentration de l’échantillon.

Conseil : si l’échantillon présente une modification qui absorbe la lumière à 340 nm, sélectionnez une autre longueur d’onde de correction ou désactivez l’option de correction d’analyse.

 

aPour ajouter un colorant non répertorié ou modifier la liste des colorants inclus, utilisez l’éditeur de colorants/chromophores.

bLa correction d’analyse influe uniquement sur le calcul de la concentration des acides nucléiques.

Éditeur de colorants/chromophores

Ouvrez l’éditeur de colorants/chromophores pour ajouter votre propre colorant à la liste des options disponibles sur l’écran Microarray Setup (configuration pour échantillons de biopuces) ou Proteins & Labels Setup (configuration pour protéines et marqueurs). Vous pouvez également préciser les colorants disponibles dans cette liste.

Pour accéder à l’éditeur de colorants/chromophores :

Sur la page d’accueil, appuyez sur Settings (paramètres) MainGearIcon.png, puis sélectionnez Dye Editor (éditeur de colorants).

DyeEditor01.png

 

Custom_Dye01_LC.png

 

Ces opérations sont disponibles dans l’éditeur de colorants/chromophores :

Ajouter un colorant non répertorié

1. Dans l’éditeur de colorants, sélectionnez newDye.png pour afficher la fenêtre Add Dye (ajouter un colorant).

2. Saisissez un nom pour le nouveau colorant (appuyez sur le champ pour afficher le clavier sur le logiciel de contrôle local, appuyez sur la touche Done (terminé) pour fermer le clavier).

3. Sélectionnez l’unité par défaut dans laquelle sera exprimée la concentration du colorant.

4. Saisissez le coefficient d’extinction du colorant (ou absorptivité molaire) en l/mole-cm (généralement fourni par le fabricant du colorant).

5. Précisez la longueur d’onde en nm (entre 350 nm et 840 nm) qui sera utilisée pour mesurer l’absorbance du colorant.

6. Précisez les valeurs de correction du colorant à 260 nm et 280 nm

7. Appuyez sur Save (enregistrer) pour fermer la fenêtre Add Dye (ajouter un colorant).

Le nouveau colorant ajouté apparaît dans les listes Dye 1 et Dye 2 (colorants 1 et 2) des écrans Microarray Setup (configuration pour échantillons de biopuces) et Proteins & Labels Setup (configuration pour protéines et étiquettes).

Remarque  Pour déterminer les valeurs de correction du colorant (si elles ne sont pas disponibles auprès du fabricant du colorant) :

utilisez l’instrument pour mesurer le colorant pur et noter son absorbance à 260 nm, à 280 nm et à la longueur d’onde d’analyse pour le colorant (voir ci-dessus) ;

calculez le rapport A260/Alongueur d’onde du colorant et saisissez cette valeur pour la correction à 260 nm ;

calculez le rapport A280/Alongueur d’onde du colorant et saisissez cette valeur pour la correction à 280 nm.

Lorsqu’un colorant ajouté est sélectionné avant une mesure, ses valeurs d’absorbance et de concentration sont rapportées et les corrections sont appliquées en leur fonction aux valeurs d’absorbance de l’échantillon, ainsi qu’aux concentrations et aux rapports de pureté de l’échantillon qui en sont déduits.

Modifier un colorant ajouté

Conseil  Les colorants prédéfinis dans le logiciel ne peuvent pas être modifiés.

1. Dans l’éditeur de colorants, sélectionnez Kebab01.png dans la ligne du colorant ajouté que vous souhaitez modifier.

2. Appuyez sur Edit_Icon00049.png.

3. Modifiez toute donnée saisie ou paramètre.

4. Appuyez sur Save (enregistrer).

Supprimer un colorant ajouté

Conseil  Les colorants prédéfinis dans le logiciel ne peuvent pas être supprimés.

1. Dans l’éditeur de colorants, cochez la case à gauche de chaque colorant ajouté que vous souhaitez supprimer.

2. Appuyez sur Trash_icon00051.png.

3. Sélectionnez OK pour confirmer la suppression.

AVIS    Supprimer un colorant ajouté retire définitivement ce colorant et toutes les informations associées du logiciel.