General Description

        DNA pcDNA3_verB

        Entire molecule length: 5446 bp

Restriction Map

Enzyme

# of cuts

Positions

AatI

1

2069

AatII

5

376 429 512 698 5446

Acc65I

1

896

AccI

4

34 3251 3258 5446

AciI

69

62 309 337 349 363 530 621(c) 654(c) 758 779(c) 925 965(c) 969 1252(c) 1276(c) 1325(c) 1339(c) 1342(c) 1370 1397 1918 1930 1939 1951 1961 1972 2018 2189 2252 2346(c) 2410(c) 2511(c) 2514(c) 2754 2794(c) 2799 2849(c) 2865 2891 2947(c) 3016 3019 3085(c) 3321 3424 3480(c) 3490(c) 3514 3557(c) 3564(c) 3585(c) 3676 3704 3831 3850 3971 4081(c) 4216 4225(c) 4587 4678 4869(c) 4915 5036(c) 5080 5157 5266 5365(c) 5412

AcsI

4

128 939 1726 3170

AcyI

9

373 426 509 695 2280 2982 3061 5061 5443

AflIII

2

229 3631

AluI

26

136 817 892 904 1024 1289 1456 1713 2034 2088 2098 2386 2844 3135 3268 3274 3296 3391 3455 3573 3799 3935 4192 4713 4813 4876

Alw44I

2

3945 5191

AlwI

19

13 16(c) 903(c) 916 2124 2148 2459 2524(c) 2705 3068(c) 3097 4192(c) 4278(c) 4280 4376(c) 4377 4840(c) 5157 5161(c)

AlwNI

2

81 4047

AosI

2

2382 4746

ApaI

1

994

ApaLI

2

3945 5191

ApoI

4

128 939 1726 3170

AseI

6

258 863 1740 3402 3461 4696

AsnI

6

258 863 1740 3402 3461 4696

Asp700

2

1741 5123

Asp718

1

896

AspEI

1

4524

AspHI

8

819 906 1026 2393 2583 3949 5110 5195

AspI

1

2398

AsuII

1

2962

AvaI

2

972 2091

AvaII

3

2796 4662 4884

AviII

2

2382 4746

AvrII

1

2070

BamHI

1

908

BanI

8

716 896 1108 1502 2279 2314 3375 4472

BanII

7

819 906 994 1026 1261 1297 2645

BbsI

1

1232

BbvI

18

188(c) 1373 2227(c) 2353 2395 2411(c) 2504(c) 2916 3144 3442(c) 3523(c) 3541(c) 3960(c) 4050 4053 4259 4562(c) 4953

BcgI

1

5063

BclI

2

1030 2121

BfaI

15

251 830 915 985 1019 1052 1298 1390 2071 3205 3265 3269 4126 4379 4714

BglI

4

341 463 534 4644

BglII

1

13

BlnI

1

2070

BmyI

14

819 906 994 1026 1261 1297 2226 2319 2393 2583 2645 3949 5110 5195

BpmI

3

3063(c) 3120 4594(c)

BpuAI

1

1232

BsaAI

3

591 1543 2584

BsaBI

2

953 2139

BsaHI

9

373 426 509 695 2280 2982 3061 5061 5443

BsaI

2

877(c) 4585(c)

BsaJI

13

611 1100 1781 1790 1854 1977 2012 2070 2091 2443 2712 3370 3791

BsaWI

4

2311 3837 3984 4815

BsiEI

7

925 969 2189 3547 3971 4894 5043

BsiHKAI

8

819 906 1026 2393 2583 3949 5110 5195

BsiYI

14

300 893 1324 1650 1795 1978 2261 2805 3086 3479 3653 3671 3837 4116

BslI

14

300 893 1324 1650 1795 1978 2261 2805 3086 3479 3653 3671 3837 4116

BsmAI

5

685 877(c) 2122(c) 4585(c) 5361

BsmFI

9

426 577 745 1763(c) 1836(c) 1900(c) 2431 2963 3072

BsmI

1

3200(c)

Bsp120I

1

990

Bsp1286I

14

819 906 994 1026 1261 1297 2226 2319 2393 2583 2645 3949 5110 5195

BspHI

2

4351 5359

BspMI

3

2167(c) 2548 2998

BspWI

37

198 341 463 495 534 627 651 974 1249 1273 1334 1336 1378 1405 1435 1792 1815 1887 1938 2017 2023 2271 2355 2378 2517 2523 2640 2676 2723 2990 3375 3419 3503 3570 3684 4256 4644

BsrBI

7

971(c) 1399(c) 2893(c) 2947 3323(c) 3564 5365

BsrDI

3

2513 4585 4759(c)

BsrFI

5

1438 2599 2780 3063 4604

BsrI

18

75(c) 546(c) 853 928(c) 966 1632 1955(c) 2224 2425 3431(c) 4039 4052 4164(c) 4570(c) 4688(c) 4731(c) 5000 5170(c)

BssHII

1

2677

Bst1107I

1

3252

BstBI

1

2962

BstNI

12

341 534 1102 1783 1792 1839 1856 2667 3371 3659 3780 3793

BstUI

19

121 209 231 311 1315 1339 1359 1735 2346 2647 2679 3085 3478 3480 3678 4259 4589 5082 5414

BstXI

2

935 961

BstYI

12

13 908 2116 2451 2697 3089 4272 4283 4369 4381 5149 5166

CfoI

30

121 201 1317 1330 1339 1361 1387 1395 2274 2282 2346 2383 2649 2679 2681 2909 3085 3415 3480 3508 3541 3811 3878 3978 4152 4261 4654 4747 5084 5416

Cfr10I

5

1438 2599 2780 3063 4604

Csp45I

1

2962

Csp6I

11

44 214 469 494 549 582 633 790 897 2585 5003

DdeI

11

40 110 181 1162 1271 2030 2943 3906 4315 4481 5021

DpnI

28

7 15 23 910 1032 2118 2123 2142 2453 2531 2612 2621 2699 3075 3091 4199 4274 4285 4293 4371 4383 4488 4829 4847 4893 5151 5168 5204

DpnII

28

5 13 21 908 1030 2116 2121 2140 2451 2529 2610 2619 2697 3073 3089 4197 4272 4283 4291 4369 4381 4486 4827 4845 4891 5149 5166 5202

DraI

3

4390 4409 5101

DraII

2

990 991

DraIII

1

1546

DrdI

3

1590 2307 3739

DsaI

3

611 1977 2712

DsaV

20

339 532 1100 1781 1790 1837 1854 2090 2091 2282 2442 2665 3055 3369 3657 3778 3791 4009 4705 5056

EaeI

8

922 966 2186 2360 2751 2778 3470 4912

EagI

3

922 966 2186

Eam1105I

1

4524

EarI

4

2624(c) 2834(c) 3515 5319

Ecl136II

3

817 904 1024

EclXI

3

922 966 2186

Eco57I

4

2426 2858 4179 5191(c)

EcoO109I

2

990 991

EcoRI

1

939

EcoRII

12

339 532 1100 1781 1790 1837 1854 2665 3369 3657 3778 3791

EcoRV

1

951

Fnu4HI

40

62 202 925 966 969 1326 1340 1362 2018 2189 2241 2252 2342 2347 2384 2425 2512 2515 2518 2754 2850 2891 2905 3019 3133 3456 3537 3555 3558 3676 3831 3974 4039 4042 4248 4576 4915 4942 5037 5266

FnuDII

19

121 209 231 311 1315 1339 1359 1735 2346 2647 2679 3085 3478 3480 3678 4259 4589 5082 5414

FokI

10

1261 1456(c) 1921(c) 2147 2604 2629 3083 4490(c) 4671(c) 4958(c)

FspI

2

2382 4746

HaeII

5

1388 1396 2283 3509 3879

HaeIII

23

220 335 528 924 968 992 1551 1693 2011 2017 2069 2188 2362 2753 2780 3472 3646 3657 3675 4109 4567 4647 4914

HgaI

6

777 2990 3069 3742 4320 5050(c)

HgiAI

8

819 906 1026 2393 2583 3949 5110 5195

HhaI

30

121 201 1317 1330 1339 1361 1387 1395 2274 2282 2346 2383 2649 2679 2681 2909 3085 3415 3480 3508 3541 3811 3878 3978 4152 4261 4654 4747 5084 5416

HinP1I

30

119 199 1315 1328 1337 1359 1385 1393 2272 2280 2344 2381 2647 2677 2679 2907 3083 3413 3478 3506 3539 3809 3876 3976 4150 4259 4652 4745 5082 5414

HincII

4

1 35 235 3259

HindII

4

1 35 235 3259

HindIII

1

890

HinfI

16

36 174 661 870 1591 1613 2765 2899 2951 3009 3046 3466 3531 3606 4002 4519

HpaII

22

1439 2092 2185 2262 2284 2312 2443 2533 2600 2781 3056 3064 3349 3838 3985 4011 4201 4605 4639 4706 4816 5058

HphI

9

627 1000(c) 1543 2458(c) 4367(c) 4594(c) 5010 5216(c) 5251

ItaI

40

62 202 925 966 969 1326 1340 1362 2018 2189 2241 2252 2342 2347 2384 2425 2512 2515 2518 2754 2850 2891 2905 3019 3133 3456 3537 3555 3558 3676 3831 3974 4039 4042 4248 4576 4915 4942 5037 5266

KasI

1

2279

KpnI

1

900

Ksp632I

4

2624(c) 2834(c) 3515 5319

MaeI

15

251 830 915 985 1019 1052 1298 1390 2071 3205 3265 3269 4126 4379 4714

MaeII

16

373 385 426 509 590 695 1432 1542 1585 1597 2396 2583 4334 4750 5123 5443

MaeIII

18

312 399 748 917 1006 1353 1365 2400 2706 3144 3987 4050 4166 4449 4780 4838 4991 5179

MamI

2

953 2139

MboI

28

5 13 21 908 1030 2116 2121 2140 2451 2529 2610 2619 2697 3073 3089 4197 4272 4283 4291 4369 4381 4486 4827 4845 4891 5149 5166 5202

MboII

13

183 1237 1404(c) 2641 2851 2931(c) 3098(c) 3502(c) 4293 4364(c) 5119(c) 5197(c) 5306(c)

McrI

7

925 969 2189 3547 3971 4894 5043

MfeI

1

162

MluI

1

229

MluNI

1

2362

MnlI

32

96(c) 792(c) 981(c) 1047 1089 1134(c) 1209(c) 1266(c) 1516 2001(c) 2007(c) 2031 2037 2044(c) 2047(c) 2059(c) 2131(c) 2195(c) 2331(c) 2688(c) 2881 3087 3272 3480(c) 3530 3739(c) 3813 4063(c) 4463(c) 4544(c) 4691 4897

MscI

1

2362

MseI

20

70 132 258 863 1333 1604 1702 1719 1730 1740 3402 3461 4337 4389 4394 4408 4461 4696 4735 5100

MslI

6

616 1013 2717 4776 4935 5294

MspA1I

6

1289 2386 3455 3973 4218 5159

MspI

22

1439 2092 2185 2262 2284 2312 2443 2533 2600 2781 3056 3064 3349 3838 3985 4011 4201 4605 4639 4706 4816 5058

MunI

1

162

MvaI

12

341 534 1102 1783 1792 1839 1856 2667 3371 3659 3780 3793

MvnI

19

121 209 231 311 1315 1339 1359 1735 2346 2647 2679 3085 3478 3480 3678 4259 4589 5082 5414

MwoI

37

198 341 463 495 534 627 651 974 1249 1273 1334 1336 1378 1405 1435 1792 1815 1887 1938 2017 2023 2271 2355 2378 2517 2523 2640 2676 2723 2990 3375 3419 3503 3570 3684 4256 4644

NaeI

3

1440 2782 3065

NarI

1

2280

NciI

8

2092 2093 2284 2444 3057 4011 4707 5058

NcoI

3

611 1977 2712

NdeI

1

485

NdeII

28

5 13 21 908 1030 2116 2121 2140 2451 2529 2610 2619 2697 3073 3089 4197 4272 4283 4291 4369 4381 4486 4827 4845 4891 5149 5166 5202

NgoMI

3

1438 2780 3063

NlaIII

23

171 555 615 981 1243 1818 1890 1981 2154 2499 2685 2716 2742 3098 3246 3289 3635 4355 4846 4856 4934 4970 5363

NlaIV

19

718 898 910 992 1110 1483 1504 1787 1860 2281 2316 3377 3663 3702 4474 4568 4609 4820 5410

NotI

1

966

NruI

1

209

NsiI

3

983 1820 1892

NspI

6

981 1243 1818 1890 2685 3635

NspV

1

2962

PaeR7I

1

972

PleI

9

30(c) 655(c) 864(c) 1599 1607(c) 2945(c) 3525(c) 4010 4513(c)

Ppu10I

3

979 1816 1888

Psp1406I

2

4750 5123

PstI

2

948 2333

PvuI

1

4894

PvuII

3

1289 2386 3455

RcaI

2

4351 5359

RsaI

11

45 215 470 495 550 583 634 791 898 2586 5004

RsrII

1

2796

SacI

3

819 906 1026

SalI

3

33 3257 5445

SapI

3

2624(c) 2834(c) 3515

Sau3AI

28

5 13 21 908 1030 2116 2121 2140 2451 2529 2610 2619 2697 3073 3089 4197 4272 4283 4291 4369 4381 4486 4827 4845 4891 5149 5166 5202

Sau96I

11

218 334 527 990 991 1549 2796 4566 4645 4662 4884

ScaI

1

5004

ScrFI

20

341 534 1102 1783 1792 1839 1856 2092 2093 2284 2444 2667 3057 3371 3659 3780 3793 4011 4707 5058

SexAI

1

1837

SfaNI

19

48(c) 608(c) 990 1159 1239(c) 1478 1827 1899 2238(c) 2493(c) 2579 2643 2709(c) 2918 3172 3728 4780 4971(c) 5220

SfcI

8

876 944 1000 1320 2329 3896 4087 4765

SfuI

1

2962

SmaI

1

2093

SnaBI

1

591

SnoI

2

3945 5191

SpeI

2

250 914

SphI

5

981 1243 1818 1890 2685

SspI

1

5328

StuI

1

2069

StyI

4

611 1977 2070 2712

TaqI

16

34 857 973 1039 1508 2393 2549 2573 2609 2771 2962 3007 3258 3731 5175 5446

TfiI

7

174 2765 2899 3009 3046 3466 3606

ThaI

19

121 209 231 311 1315 1339 1359 1735 2346 2647 2679 3085 3478 3480 3678 4259 4589 5082 5414

Tru9I

20

70 132 258 863 1333 1604 1702 1719 1730 1740 3402 3461 4337 4389 4394 4408 4461 4696 4735 5100

Tsp509I

19

128 162 269 860 939 1145 1726 1737 1741 1824 1896 1988 3170 3311 3328 3403 4391 4697 4952

Tth111I

1

2398

XbaI

1

984

XhoI

1

972

XhoII

12

13 908 2116 2451 2697 3089 4272 4283 4369 4381 5149 5166

XmaI

1

2091

XmaIII

3

922 966 2186

XmnI

2

1741 5123

 

        No cuts: AccIII, AflII, AgeI, AscI, BbrPI, BfrI, Bpu1102I, BseAI, BsgI, BsiWI, BspDI, BspEI, BsrGI, BstEII, Bsu36I, CelII, ClaI, Eco47III, EcoNI, Esp3I, EspI, HpaI, KspI, MroI, NheI, PacI, PflMI, PinAI, PmaCI, PmeI, PmlI, PpuMI, SacII, SfiI, SgrAI, SspBI, SwaI, Van91I, XcmI